elFinder

Я знал! Я знал, что рано или поздно об этом попросят! :)
Если продублировать окна сейчас драг/дроп должны работать.

Мы обсуждали такую возможность - и отказались от нее. Придется переписать клиента чуть больше чем полностью.

В новой версии будет возможность драг/дропа из дерева - думаю этого достаточно

Т.е. драг/дроп работал бы, но чтобы использовать несколько окон нужно перелопатить код клиента?
Я правильно понял? Или сейчас нет никаких препятствий для такой опции плагина?

Можно сделать копию текущей директории и присоединить к окну файндера - и думаю драг/дроп будет работать.
Можно проще сделать для проверки - создайте 2 одинаковых файндера и бросьте файлы из одного в другой. Если будет открыта одна и та же директория - должно сработать.

А, вообще, чтобы сделать полноценный 2-х оконный интерфейс нужно с нуля переписать клиента - и мы не будем этого делать. Не стоит забывать что мы пишем файндер для веб, а не тотал коммандер :)
Сейчас мы работаем над версией 2 - там будет очень много чего вкусного, но даже с учетом, что мы пишем ее с нуля - идея 2-х оконного интерфейса туда не лезет.