elFinder

А где вы выставяете права 666? elFinder с правами не работает, все файлы должны принадлежать тому же пользователю из под которого работает коннектор (в идеале).
Приведите хотя бы ls -alR своей директории и после смены прав на какие файлы возникает ошибка?
Если вы права 666 выставите на root директорию - то логично что выдаст ошибку, ибо elFinder не сможет зайти в директорию.
666 - это права пригодные для файлов, для директорий используйте 777

ls -alR привести не могу, т.к. shared хостинг
Права 666 ставил на корневую директорию с картинками, в конфиге elfinder она называется root
Пользователь у всех папок один. Ошибка возникает после изменения прав доступа к любой из папок, вложенных в root.

Каким образом можно отключить возможность запускать скрипты из папок, отображаемых в elfinder, если это нельзя сделать изменением прав доступа?

.htaccess ?

Юрий Т. wrote:

ls -alR привести не могу, т.к. shared хостинг Права 666 ставил на корневую директорию с картинками, в конфиге elfinder она называется root Пользователь у всех папок один. Ошибка возникает после изменения прав доступа к любой из папок, вложенных в root.

Вообще не могу чего-либо сказать, нужно больше инфонмации, error_log хотя бы, ну а вообще я писал права 666 - не дадут даже текущему пользователю зайти в директорию.

Каким образом можно отключить возможность запускать скрипты из папок, отображаемых в elfinder, если это нельзя сделать изменением прав доступа?

Конфигурацей сервера, как вариант если у вас Apache то .htaccess