elFinder

По идеи да, вам просто нужно изменить метод редактирования чтобы вместо простого textarea создавался редактор с подсветкой, что-то вроде codemirror

Ну, насколько я понимаю логику работы codemirror, содержимое редактируемого файла после обработки подсветкой будет содержать html-теги и классы css. Или я не прав?

Нет, у него есть метод вернуть чистый text, смотрите тему Syntax highlight using CodeMirror